Untersuchungen der Gewässerstruktur (morphologischer Ansatz):
Bei der strukturellen Untersuchung der Referenzabschnitte kommt das Strukturgüteverfahren des Landes zur Anwendung. Aus dem Gewässertypenatlas, der die morphologischen Zustände der bislang besten strukturellen Gewässerabschnitte (Referenzgewässer)in Rheinland-Pfalz beschreibt, wurden 24 Gewässerstrecken zur Überprüfung innerhalb des Projektes ausgewählt. Diese Strecken besitzen die besten Gesamtbewertungen der Strukturgüte, außerdem wird eine Gewässergüte (Wasserqualität) von Klasse I bzw. I-II nicht überschritten und die Nutzungen im Einzugsgebiet sind möglichst naturnah. Die Überprüfung erfolgt sowohl bezüglich der Gewässerstruktur als auch der biozönotischen Ausstattung. Eine Ergänzung um neue Referenzgewässerabschnitte ist ebenfalls möglich. Bei der Auswahl der Teststrecken wurden alle im jeweiligen Landesteil vorhandenen Taltypen (z. B. Kerbtalgewässer, Auetalgewässer usw.) berücksichtigt.
Untersuchungen der biozönotischen Ausstattung (biologischer Ansatz):
Die biologischen Untersuchungen umfassen das Makrozoobenthos (wirbellose Tiere), die Fische und die Makrophyten (größere Wasserpflanzen) bzw. das Phytobenthos (v.a. Kieselalgen). Bei allen 24 Probestellen findet ein Makrozoobenthos-Monitoring nach der neuen für die Umsetzung der EU-Wasserrahmenrichtlinie entwickelten Methode statt. Damit können Aussagen über die Naturnähe des Gewässers bzw. über Art und Ausmaß möglicher negativer Einflüsse gemacht werden.